Bandar Udara Khusus Weda Bay merupakan fasilitas penunjang operasional industri yang beroperasi sesuai dengan regulasi penerbangan nasional dan berada di bawah pengawasan otoritas negara. Setiap proses keberangkatan dan kedatangan penumpang dilaksanakan melalui prosedur standar, mulai dari check-in, pemeriksaan keamanan, hingga pengendalian lalu lintas udara. Operasional bandara diawasi secara terpadu oleh berbagai instansi, termasuk Kementerian Perhubungan, AirNav Indonesia, BMKG, Bea dan Cukai